Anaxagora credea în divizibilitatea infinită a materiei şi indestructibilitatea acesteia şi a negat existenţa vidului. A fost preocupat de originea lucrurilor şi de geneza Universului. Potrivit concepţiei sale, Universul este alcătuit din mici particule, eterne, antrenate într-o mişcare haotică (Aristotel le-a numit homoiomeriai). În viziunea sa, aceste elemente primordiale se aflau la început în neorânduială. Impulsul mişcării, principiul motor care a ordonat toate aceste particule printr-un proces centrifug, în urma căruia a luat naştere universul, a fost denumit de Anaxagora nous (raţiune, spirit).

            Anaxagora a încercat să explice raţional fenomenele astronomice din natură. El a negat existenţa zeilor, considera soarele ca o masă de metal incandescent, aştrii sunt asemenea pământului. A reuşit să explice apariţia meteoriţilor şi formarea eclipselor de Soare, arătând că nu au nimic divin, ci cauze naturale.

 

            În jurul anului 437 î.Hr., pe când se afla în exil, Anaxagora a scris o lucrare despre cuadratura cercului, dar care nu a supravieţuit timpului. A mai scris o lucrare despre filozofia naturală, de mare importanţă în istoria antichităţii.

            Învăţătura sa, care îmbină filosofia ioniană cu ontologia lui Parmenide, a fost expusă în lucrarea "Despre natură" (Periphyseos). Scrierile lui Anaxagora, din care s-au păstrat câteva fragmente, au cunoscut o largă circulaţie în sec. 5-4 î.Hr., influenţând filosofia lui Platon şi a lui Aristotel.